Sackarin och andra konstgjorda sötningsmedel passerar relativt oförändrade genom tarmen. Trots det har det visat sig att sackarin påverkar bakteriefloran i tarmen, vilket i sin tur påverkar  ämnesomsättningen så att glukostoleransen minskar vilket innebär en ökad risk för diabetes.

Man har t.ex. gjort studier på möss där möss fick dricka vatten blandat med sackarin. När avföring från möss som druckit vatten blandat med sackarin fördes in i tarmarna hos bakteriefria möss fick även de mössen tidiga tecken på diabetes.

Försök har också gjorts på människor bl.a. där sju personer fick sätta i sig en mycket stor dos sackarin varje dag under en vecka. Fyra av de sju fick sämre glukoskänslighet vilket tyder på att den ursprungliga tarmfloran eller genetisk uppsättning har betydelse så att olika individer påverkas olika. Dock går det inte att dra några säkra slutsatser från försök gjorda på en så liten grupp individer.