Bakterier i tarmen och luftvägarna skyddar mot virus. När den normala bakteriefloran störs, blir immunförsvaret sämre.

I försök med möss har man slagit ut bakteriefloran med antibiotika. När mössen sedan smittades med influensavirus blev de sjukare än vanliga möss.  De hade en svagare immunreaktion och viruset fanns kvar i kroppen under längre tid.